אלי כהן (נולד ב-26 בדצמבר או לפי גרסה אחרת ב-6 בדצמבר 1924; הוצא להורג ב-18 במאי 1965), מרגל ישראלי שפעל בסוריה והוצא להורג לאחר שנתפס. זכור, בישראל ובעולם, כאחד מגדולי המרגלים של ישראל.

אלי כהן נולד באלכסנדריה שבמצרים. אביו, שאול, הגיע למצרים בהיותו בן שבע, מחאלב שבסוריה. בשנת 1944 הצטרף אלי כהן לתנועה הציונית. ב-1957 עלה לישראל והתגורר בבת ים. הוא עסק כמתרגם עתונות ערבית באמ"ן ולאחר מכן בהנהלת חשבונות ב"משביר המרכזי", וב-31 באוגוסט 1959 נשא לאשה את נדיה, עולה מעיראק.

מגעיו עם המודיעין הישראלי החלו כבר ב-1954 כאשר שכר בשמו דירה במצרים אשר שימשה את חברי חוליית "העסק הביש".

במאי 1960 גויס לאגף המודיעין של צה"ל, והוכשר כמרגל. ב-1961 נשלח לארגנטינה, שם נבנתה לו דמות של סוחר ערבי, גולה סורי, בשם כאמל אמין ת'אבת'. כהן התיידד עם הקהילה הערבית המקומית.

בראשית 1962 עבר לדמשק, ושכר דירה בסמוך למטכ"ל הסורי על מנת לנטר את פעילותו ביתר קלות. הוא בנה לו שם של איש עסקים נדיב ופטריוט לאומני, והתיידד עם אנשי צבא ועם אישים בכירים מהצמרת הסורית, אתם טייל ברחבי סוריה. באמצעות קשרים אלה אסף אלי כהן מידע רב, על-פי הנחיות מפעיליו במודיעין הישראלי, אודות הצבא הסורי וההנהגה הסורית והקשרים של סוריה לארגוני החבלה הפלסטינים. אחת לחצי שנה יצא לנסיעת עסקים לאירופה, שאיפשרה לו מפגש עם מפעיליו, וביקור אצל משפחתו בבת ים.

בשנת 1964 הועבר הפיקוח על פעילותו של אלי כהן מאגף המודיעין ל"מוסד", כחלק מארגון מחדש בזרועות המודיעין.

בראשית ינואר 1965 נחשפה זהותו האמיתית של אלי כהן על-ידי הסורים, בעזרת ציוד מעקב מתקדם לגילוי שידורי רדיו מברית המועצות. במהלך אותו יום הופסקו כל שידורי הרדיו בדמשק, והוא נלכד באמצע שידור של הודעה לארץ, כאשר שתי מכוניות מעקב הצליבו את מקום השידור. חוקריו ניסו ללחוץ עליו שיהפוך לסוכן כפול, כלומר ימשיך בקשר עם ישראל ויעביר מידע כוזב, אך הוא ניצל זאת לשם העברת מסר על לכידתו, בקוד שהוכן מראש לשם כך.

ב-24 בינואר הודיעה סוריה רשמית על המעצר. אלי עונה קשות במהלך חקירתו במשך ארבעה שבועות. המשפט של אלי כהן נפתח ב-22 בפברואר 1965 בבניין של המטה הכללי הסורי ונערך בדלתיים סגורות. אף פרקליט או עיתונאי לא הורשה להשתתף בישיבת בית המשפט. מדינת ישראל עשתה מאמצים גדולים להציל את חייו ולשחררו. נשלחו מספר מתווכים לדמשק שהציעו הצעות שונות ובהן, כסף, ידיעות על האופוזיציה החתרנית, תרופות ואף ציוד אזרחי רב, אך הסורים סירבו לכל ההצעות.

כשלושה חודשים לאחר שנלכד אלי כהן, בשעות הבוקר המוקדמות של 18 במאי ‭,1965‬ נעה שיירה צבאית קטנה ברחובותיה בירת סוריה. באחת המכוניות, כשהוא נתון לשמירה כבדה, ישב אלי כהן, שרק כמה דקות קודם לכן הוער בפתאומיות בתאו שבקומה השלישית של הכלא הצבאי של דמשק. אחרי נסיעה קצרה עצרה השיירה בתחנת המשטרה מול כיכר אל-מרג'ה שבלב העיר. למקום הובהלו קצינים רבים, כולל אלה שכיהנו כשופטים בבית המשפט הצבאי שדן את כהן למוות, וכן עיתונאים וצלמים שקיבלו אישור לתעד את שעותיו האחרונות של המרגל הציוני הבכיר ביותר שנלכד בסוריה. הרב ניסים אנדובו-כהן, רבה הראשי של קהילת יהודי דמשק חיזק את רוחו והתפלל איתו את התפילות המקובלות במעמד זה. הרב סיפר כי פגש אדם שבור, ועם זאת אדם נחוש שביקש להודיע לבני משפחתו שמילא את חובתו עד תומה ונשאר נאמן לעמו ולארצו.

לאחר מכן הובל אלי כהן למרכז הכיכר אל-מרג'ה, שבה המתין לו אבו סלימאן, התליין הראשי של סוריה. אבו סלימאן כרך את חבל התלייה סביב צווארו של כהן, ובלא לכסות את ראשו של הנידון למוות, דחף בתנועה מהירה את השולחן מתחת לרגליו. במכתב שכתב לאשתו זמן קצר לפני הוצאתו להורג כתב: "נדיה יקירתי, את רשאית להינשא לגבר אחר למען יהיה טוב לילדינו... אני מבקש שלא תתאבלי על מה שקרה, אלא תסתכלי אל העתיד...". בנוסף לאשתו, הניח שלושה ילדים.

אלי כהן נקבר בדמשק, ועד היום (2007), לאחר יותר מארבעים שנה, מסרבים הסורים להתיר הבאתו לקבורה בישראל. על שמו נקרא המושב אליעד שברמת הגולן, וכן רחובות וגנים במספר יישובים בארץ.

בני משפחתו וגורמים נוספים טענו כי חשיפתו נבעה ממחדל של המוסד. הם סברו כי מפעיליו סיכנו את אלי כהן לשוא, כאשר דרשו ממנו לשדר בכל יום, ולדווח על הנעשה בפרלמנט הסורי, דברים שסבלו דיחוי. אישתו נדיה טענה כי הגיחה האחרונה שלו לסוריה הייתה מיותרת, הואיל ואלי כהן מיצה את יכולת המודיעינית שלו, והסיכוי שיחשף הפך להיות גבוה מאוד. לאחיו אפרים כהן, היו טענות על כך שהמשפחה לא קיבלה מידע אמין מגורמי המודיעין בארץ, ובזמן שהגורמים הישראליים שידרו אופטימיות ודיברו על כך שהוא יחזור, קול דמשק הודיע על תלייתו.

במאי 2007, טען מונזר מוסלי, ראש לשכתו של נשיא סוריה באותה תקופה, כי אלי כהן נקבר ברובע אל-מזה בדמשק, אך לא ניתן לאתר את קברו כיוון שנבנו עליו מאז בניינים ורחובות. בנוסף, ניסה מוסלי להמעיט בחשיבות תרומתו וטען כי המידע שהעביר כהן היה מידע כללי ולא משמעותי